Artykuł 1 zawiera definicje, art. 2 określa cele dyrektywy (niniejsza dyrektywa ma na celu przyczynienie się do zapewnienia różnorodności biologicznej poprzez ochronę siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej flory i fauny na europejskim terytorium państw członkowskich. Działania podejmowane zgodnie z niniejszą dyrektywą będą zaprojektowane tak, aby zachować siedliska przyrodnicze oraz gatunki dzikiej flory i fauny będące przedmiotem zainteresowania Wspólnoty w stanie sprzyjającym ochronie albo odtworzyć taki stan i będą uwzględniać wymogi gospodarcze, społeczne i kulturalne oraz cechy regionalne i lokalne). Art. 6 ust. 3 i 4 Dyrektywy Siedliskowej stosuje się również do OSO czyli tzw. obszarów ptasich

Art. 6 ust. 3 Dyrektywy Siedliskowej
Każdy plan lub przedsięwzięcie, które nie jest bezpośrednio związane lub konieczne do zagospodarowania terenu, ale które może na nie w istotny sposób oddziaływać, zarówno oddzielnie, jak i w połączeniu z innymi planami lub przedsięwzięciami, podlega odpowiedniej ocenie jego skutków dla danego terenu z punktu widzenia założeń jego ochrony. W świetle wniosków wynikających z tej oceny oraz bez uszczerbku dla przepisów ust. 4 właściwe władze krajowe wyrażają zgodę na ten plan lub przedsięwzięcie dopiero po upewnieniu się, że nie wpłynie on niekorzystnie na dany teren oraz, w stosownych przypadkach, po uzyskaniu opinii całego społeczeństwa.

Art. 6 ust. 4 Dyrektywy Siedliskowej
Jeśli pomimo negatywnej oceny skutków dla danego terenu oraz braku rozwiązań alternatywnych, plan lub przedsięwzięcie musi jednak zostać zrealizowane z powodów o charakterze zasadniczym wynikających z nadrzędnego interesu publicznego, w tym interesów mających charakter społeczny lub gospodarczy, Państwo Członkowskie stosuje wszelkie środki kompensujące konieczne do zapewnienia ochrony ogólnej spójności Natury 2000. O przyjętych środkach kompensujących Państwo Członkowskie informuje Komisję. Jeżeli dany teren obejmuje typ siedliska przyrodniczego i/lub jest zamieszkały przez gatunek o znaczeniu priorytetowym, jedyne względy, na które można się powołać, to względy odnoszące się do zdrowia ludzkiego lub bezpieczeństwa publicznego, korzystnych skutków o podstawowym znaczeniu dla środowiska lub, po wyrażeniu opinii przez Komisję, innych powodów o charakterze zasadniczym wynikających z nadrzędnego interesu publicznego.

http://straznicy.natura2000.pl/index_faq.php?dzial=2&kat=9&art=11
http://www.gdos.gov.pl/files/News_zal/TP992_Tlumaczenie_nr_47_09_pl-2.pdf