Należy mieć na uwadze, że siedlisko przyrodnicze w ujęciu obszarów sieci Natura 2000 nie jest tożsame z definicją biologiczną, ekologiczną lub leśną siedliska. Pojęcie siedliska przyrodniczego wprowadziła w UE Dyrektywa Siedliskowa a Polskie prawo w oparciu o tę dyrektywę definiuje siedlisko przyrodnicze, jako „obszar lądowy lub wodny, naturalny, półnaturalny lub antropogeniczny, wyodrębniony w oparciu o cechy geograficzne, abiotyczne i biotyczne”.

Siedliskami są na przykład:
1170 – rafy
3110 – jeziora lobeliowe
3270 – zalewane muliste brzegi rzek
4070 – zarośla kosodrzewiny
6410 – zmiennowilgotne łąki trzęślicowe (Molinion)
7230 – górskie i nizinne torfowiska zasadowe o charakterze młak, turzycowisk i mechowisk
8110 – piargi i gołoborza krzemianowe
8310 – jaskinie nieudostępnione do zwiedzania
9110 – kwaśne buczyny (Luzulo-Fagenion)
91I0 – dąbrowy ciepłolubne (Quercetalia pubescenti-petraeae)*

Te zaznaczone * są szczególnie istotne dla zachowania bioróżnorodności UE, są to tak zwane siedliska priorytetowe.

Siedliska przyrodnicze zostały wyznaczone celem ochrony miejsc bytowania cennych z punktu widzenia przyrodniczego gatunków roślin i zwierząt często zagrożonych wyginięciem. Zgodnie z polskim prawem. Na mocy ustawy o ochronie przyrody w Polsce został wprowadzony zakaz podejmowania działań mogących w istotny sposób pogorszyć stan siedlisk przyrodniczych, co w konsekwencji prowadziłoby do negatywnego oddziaływania na gatunki, dla których obszar chroniony został stworzony. Wyjątek od zakazu stanowi nadrzędny interes publiczny o charakterze społecznym lub gospodarczym, gdy nie ma żadnej innej alternatywy. W takim przypadku może dojść do zniszczenia siedliska, lecz konieczne są działania rekompensujące straty.

Do często notowanych szkód w siedliskach chronionych Dyrektywą Siedliskową i prawem krajowym owadów są szkody powstałe w siedlisku życia owadów saproksylofagicznych, które uzależnione są od różnych form martwego drewna i do swojego rozwoju potrzebują starych drzew różnych gatunków, w których powstają wewnętrzne próchnowiska lub posiadających obumarłe konary, części pnia lub korzenie.

Opracowano na podstawie:
ROZPORZĄDZENIE MINISTRA ŚRODOWISKA z dnia 13 kwietnia 2010 r. w sprawie siedlisk przyrodniczych oraz gatunków będących przedmiotem zainteresowania Wspólnoty, a także kryteriów wyboru obszarów kwalifikujących się do uznania lub wyznaczenia jako obszary Natura 2000
ROZPORZĄDZENIE MINISTRA ŚRODOWISKA z dnia 16 maja 2005 r. w sprawie typów siedlisk przyrodniczych oraz gatunków roślin i zwierząt, wymagających ochrony w formie wyznaczenia obszarów Natura 2000
Załącznik nr 1 typy siedlisk przyrodniczych będące przedmiotem zainteresowania wspólnoty, które wymagają ochrony w formie wyznaczenia obszarów natura 2000, ze wskazaniem typów siedlisk przyrodniczych o znaczeniu priorytetowym
S. Lubaczewska (red.) Strażnicy Natury 2000 zapobieganie szkodom w praktyce, Fundacja EkoRozwoju, 2010