Obszary Natura 2000 chronią nie tylko siedliska i gatunki na lądzie - znaczna część polskiego Bałtyku (zarówno w morskich wodach wewnętrznych, morzu terytorialnym, jak i w wyłącznej strefie ekonomicznej) również znajduje się w sieci.
Morskie obszary mają swoją specyfikę - zdecydowanie mniejszą liczbę typów siedlisk i gatunków w porównaniu z lądem, jednolitą strukturę własności (Skarb Państwa), inne są też źródła zagrożeń bałtyckiej przyrody. Zgodnie z ustawą o ochronie przyrody dla obszarów morskich, nie sporządza się planów zadań ochronnych, a plany ochrony. Nadzór nad obszarami morskimi znajdującymi się poza granicami parków narodowych pełnią dyrektorzy urzędów morskich.
Ze względu na brak naturalnych barier w środowisku morskim współpraca międzynarodowa w zakresie jego ochrony jest szczególnie istotna. Wyznaczanie i zarządzanie morskimi obszarami Natura 2000 jest działaniem spójnym z realizacją postanowień Konwencji Helsińskiej w zakresie ochrony obszarowej oraz przyrodniczych uwarunkowań planowania przestrzennego. W podpisanym w 2007 r. przez strony konwencji Bałtyckim Planie Działań HELCOM zawarto zobowiązanie do wyznaczenia Bałtyckich Obszarów Chronionych HELCOM BSPA (HELCOM Baltic Sea Protected Areas) z uwzględnieniem celu pokrycia przynajmniej 10% powierzchni morza obszarami chronionymi, zgodnie ze zobowiązaniami Światowego Szczytu Zrównoważonego Rozwoju w Johannesburgu z 2002 r. oraz z Konwencją o ochronie różnorodności biologicznej z 1992 r. Wyznaczając obszary HELCOM BSPA strony konwencji spowodowały, iż Bałtyk jest pierwszym na świecie morzem, dla którego osiągnięto ten cel. Za „morskie obszary Natura 2000” przyjmuje się obszary, które przynajmniej częściowo położone są na wodach morskich, w rozumieniu ustawy o obszarach morskich Rzeczypospolitej Polskiej i administracji morskiej, obejmujących:
Na podstawie powyższego kryterium możemy wydzielić 17 morskich obszarów Natura 2000. Jest to 8 obszarów ptasich oznaczonych kodem PLB, 8 siedliskowych (PLH) oraz jeden obszar Ławica Słupska (PLC) będący w tych samych granicach obszarem ptasim i siedliskowym.
Do siedlisk chronionych w polskich morskich obszarach Natura 2000 należą:
W strefie przybrzeżnej chronione są ponadto inne siedliska jak np. klify, kidzina, różne rodzaje wydm czy solniska nadmorskie. Z gatunków morskich chronione są: minóg rzeczny i morski, parposz, foka szara i morświn. Z kolei w obszarach ptasich ochronie podlegają głównie kaczki, mewy, rybitwy, perkozy i nury.
Do najistotniejszych źródeł zagrożeń dla morskiej przyrody zalicza się: rybołówstwo (negatywne oddziaływanie na gatunki i na dno akwenów morskich), żeglugę (hałas, zanieczyszczenia, ewentualne kolizje, wprowadzanie gatunków obcych), turystykę i rekreację (zwłaszcza masową), eutrofizację wód, poszukiwanie oraz wydobywanie ropy naftowej i gazu, wydobywanie kruszywa, instalowanie farm wiatrowych oraz innych rodzajów infrastruktury i ich eksploatację, działania wojskowe, urbanizację wybrzeży.
Opracowano na podstawie:
Morskie obszary Natura 2000, Generalna Dyrekcja Ochrony Środowiska 2012.