Podstawą wyznaczenia obszarów Natura 2000 są kryteria naukowe - najważniejsze dane o położeniu i powierzchni obszaru, występujących typach siedlisk, gatunkach „naturowych” i ich liczebności lub reprezentatywności w skali kraju, wartości przyrodniczej i zagrożeniach. Informacje te  zawarte są w Standardowych Formularzach Danych (SFD).

SDFy to dokumenty określające szczegółowo schemat opisu o wartościach poszczególnych obszarów Natura 2000. Poszczególne działy dotyczą:

1. Identyfikacja obszaru,
2. Położenie obszaru,
3. Informacja przyrodnicza,
4. Opis obszaru,
5. Status ochronny obszaru oraz powiązania z ostojami corine biotopes,
6. Działalność człowieka na terenie obszaru i w jego otoczeniu inne czynniki wpływające na ten obszar.

Informacje zawarte w SDF są prezentowane w możliwie czytelny i porównywalny (skodyfikowany) sposób. Na przykład przy ustalaniu stanu zachowania elementów siedliska mamy do dyspozycji 3 oceny: A, B, C, gdzie A oznacza elementy zachowane w doskonałym stanie, niezależnie od możliwości renaturyzacji, B – elementy zachowane w dobrym stanie, niezależnie od możliwości renaturyzacji (lub) elementy zachowane w przeciętnym stanie lub nawet częściowo zdegradowane, ale renaturyzacja łatwa C: - pozostałe kombinacje (oznaczające przeciętny lub zubożały stan zachowania).

Informacje zawarte w SDF mogą i powinny być przedmiotem aktualizacji, np. w wyniku prowadzonych inwentaryzacji, badań lub opracowywania planu ochrony i co za tym idzie otrzymaniu pełniejszych danych o obszarze. Aktualizacje mogą wynikać z bardziej precyzyjnego lub bardziej aktualnego rozpoznania, albo z naturalnych zmian nie spowodowanych niewłaściwym zarządzaniem obszarem. Z przyczyn niezależnych od działalności człowieka niektóre gatunki mogą zniknąć z obszaru, np. wskutek zmiany granicy zasięgu występowania. Nie można jednak usunąć z SDF gatunku lub siedliska, który wyginął wskutek złego zarządzania obszarem! Taki gatunek lub siedlisko należy w danych obszarze przywrócić. Zmiany w SDF zawsze wymagają precyzyjnego uzasadnienia naukowego.

Zmiany mogą dotyczyć też samego sposobu gromadzenia i prezentacji danych. O tych nowościach informuje na swojej stronie internetowej na Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska. Ostatni komunikat pochodzi  11 lipca 2011 r., kiedy to „Komisja Europejska wydała decyzję wykonawczą w sprawie formularza zawierającego informacje o obszarach Natura 2000. Nakłada to na państwa członkowskie obowiązek zaktualizowania dotychczasowego sposobu przechowywania i prezentowania dokumentacji sieci. Wypracowana przez ekspercką Grupę ds. Raportowania zmiana formularza podyktowana jest potrzebą ulepszenia, uproszczenia i unowocześnienia przepływu danych w ramach obu dyrektyw, na podstawie których powołuje się obszary Natura 2000. Wprowadzone zmiany pozwolą na uzupełnienie luk informacyjnych. Ponadto dokonano niezbędnych ulepszeń w strukturze danych z grupy informacji przyrodniczych, także  usunięto niektóre zbędne części formularza. Zmiana formularza została wymuszona m.in. szybkim rozwojem informacyjnych technologii zarządzania danymi, jak również rosnącą dostępnością cyfrowych informacji geograficznych” (http://www.gdos.gov.pl/News/view/2923/Standardowy_Formularz_Danych).