Sieć obszarów Natura 2000 to, w wielkim skrócie, powoływane na podstawie dwóch Dyrektyw Unii Europejskiej (tzw. Ptasiej i Siedliskowej):

• obszary specjalnej ochrony ptaków OSO (tworzone dla ochrony gatunków ptaków, czasem zwane ostojami ptasimi)
• specjalne obszary ochrony siedlisk SOO (tworzone dla ochrony siedlisk przyrodniczych, roślin i zwierząt innych niż ptaki, zwane też ostojami siedliskowymi).

Obszar Natura 2000 może obejmować część lub całość terenów i obiektów objętych innymi formami ochrony przyrody, jak: parki narodowe, parki krajobrazowe, rezerwaty przyrody. Jednak zasady ochrony gatunków bądź siedlisk odbiegają od tych, które znamy z parków i rezerwatów.Wiążą się one z pewnymi ograniczeniami naszej działalności lub koniecznością modyfikacji niektórych form gospodarowania, ale nie stanowią bariery dla rozwoju lokalnego jak to często słychać w mediach.

Prawo unijne nie narzuca konkretnych metod zarządzania i ochrony na obszarach Natury 2000. Zgodnie z Dyrektywą Siedliskową[1] jedyny warunek, jakiemu podlegają ograniczenia gospodarowania na terenie obszaru to taki, że nie możemy pogarszać stanu siedlisk i gatunków. Muszą być zachowane we właściwym stanie ochrony co oznacza, że[2]:

• naturalny zasięg siedlisk nie zmniejsza się;
• siedlisko zachowuje specyficzną strukturę i funkcje konieczne do jego dalszego trwania;
• zachowane są warunki dla rozwoju typowych dla siedliska gatunków
• liczebność i zasięg gatunków nie zmniejsza się.

Zgodnie z zaleceniem dyrektywy powinniśmy też przyczyniać się do odtwarzania biotopów i wspierać restytucje gatunków.

Na obszarach Natura 2000 generalnie nie podlega ograniczeniu działalność związana z utrzymaniem urządzeń i obiektów służących bezpieczeństwu przeciwpowodziowemu oraz działalność gospodarcza, rolna, leśna, łowiecka i rybacka, a także amatorski połów ryb, jeżeli nie zagrażają one zachowaniu siedlisk przyrodniczych oraz siedlisk roślin lub zwierząt, ani nie wpływają w sposób istotny negatywnie na gatunki roślin i zwierząt, dla których ochrony został wyznaczony obszar Natura 2000[3]. Zatem możliwe jest, np.: zalesianie korzystne dla przedmiotów ochrony Natura 2000 (odtwarzanie korytarzy ekologicznych), użytkowanie łąk (koszenie, wypas), wprowadzanie zabudowy w miejscach nie kolidujących z siedliskami Natura 2000, remonty i prowadzenie nowej infrastruktura drogowej i technicznej, itp. Z drugiej strony podobne działania mogą stanowić poważne zagrożenie dla obszaru i stanu siedlisk i gatunków. W zależności od rodzaju obszaru zalecenia ochronne, ograniczenia i zakazy mogą być zróżnicowane przestrzennie. W wielu wypadkach utrzymanie dotychczasowych metod gospodarowania jest dozwolone, a niekiedy wręcz wymagane, część obszaru może być użytkowana w tradycyjny sposób, część będzie podlegać pewnym ograniczeniom, niektóre fragmenty mogą wymagać ścisłej ochrony.

Zatem na obszarze Natura 2000 nie zabrania się realizacji wszelkich przedsięwzięć, lecz jedynie tych, mogących w istotny sposób wpłynąć negatywnie na przedmiot ochrony obszaru Natura 2000. To oddziaływanie należy zbadać na etapie planowania inwestycji czy przedsięwzięcia – należy wykonać tzw. „ocenę habitatową”, gdzie specjalista rozstrzygnie o potencjalnym zagrożeniu i sposobie łagodzenia ewentualnych skutków działania.

Inną sprawa jest jakość tych ocen. Jest one w wielu wypadkach niska, a odpowiedzialność autorów za błędnie sformułowane wnioski – żadna. Całość odpowiedzialności za szkody w środowisku w świetle prawa krajowego ponosi Inwestor, co może powodować, że nawet decyzja wydana zgodnie z prawem skutkuje dla niego znaczącymi konsekwencjami.